Les bourses de mérite existent depuis 1998. Elles ont été mises en place dans l'objectif de permettre aux étudiants les plus méritants, issus de milieux modestes, de préparer certains concours en leur donnant les moyens matériels et moraux d'entreprendre un cursus long.

Les bourses de mérite sont réservées aux étudiants qui remplissent les conditions d'obtention d'une bourse sur critères sociaux et qui se destinent à des études longues en préparant les concours de l'école nationale d'Administration (ENA), de l'école nationale de la Magistrature (ENM), de médecine générale, littéraires et de sciences humaines ou de certaines grandes écoles d'ingénieurs.

Les conditions pour pouvoir bénéficier de cette bourse sont les résultats scolaires (obtention de la "mention très bien" au baccalauréat) et être éligible à une bourse sur critères sociaux par le rectorat.
Le nombre de bourses de mérite attribuées étant limitées par l'Education nationale, chaque académie attribue un nombre de bourses selon des quotas.
Chaque dossier de candidatures à cette bourse est alors examiné par une commission académique présidée par le recteur pour décider de l’attribution ou non de la bourse. Les critères retenus pour en décider sont essentiellement les résultats scolaires, la nature des études que l'étudiant projette de suivre, la motivation du candidat et sa situation sociale.

La bourse au mérite est alors attribuée pour une durée d’une année universitaire et peut être renouvelée chaque année jusqu'au niveau d'études correspondant au concours ou cursus envisagé.
Chaque bénéficiaire de la bourse au mérite se voit allouer une somme de 6.102 euros (année universitaire 2004-2005) et désigner un "parrain" choisi parmi les magistrats et hauts fonctionnaires ou toute personne qualifiée en poste ou en retraite. Ce dernier se doit d’accompagner l’étudiant dans sa scolarité par des entretiens et des conseils.

Dans certains cas, des bourses de mérite peuvent être attribuées aux étudiants ayant obtenu une licence, une maîtrise ou un diplôme de l'IEP avec mention et qui intègrent un centre de préparation au concours d'entrée à l'ENA situés dans les académies de Bordeaux, Grenoble, Lille, Paris, Rennes, Strasbourg et Toulouse.

Les bourses de mérite ne peuvent être cumulées durant l'année universitaire avec une activité professionnelle ni avec une bourse sur critères sociaux, une bourse sur critères universitaires, un prêt d'honneur et toute autre forme d'aide du ministère de l'éducation nationale. Par ailleurs, l'inscription et l'assiduité aux cours, travaux pratiques ou dirigés, stages obligatoires, etc. sont vérifiées ainsi que les conditions de scolarité applicables aux boursiers sur critères sociaux.
Si l'étudiant ne se présente pas au concours pour lequel il a opté ou interrompt ses études (de médecine par exemple), il perd le bénéfice de cette bourse et les sommes qui lui ont été allouées peuvent être éventuellement remboursées au Trésor public.

Pour faire une demande de bourse de mérite, il faut constituer un dossier social étudiant auprès du CROUS ainsi qu'un dossier complémentaire une fois les résultats du bac obtenus.
La demande doit être faite entre le 15 janvier et le 30 avril, dans l’année précédant la rentrée universitaire.