Aujourd'hui les maladies dont la vaccination est obligatoire à l'école sont les suivantes : la diphtérie, le tétanos, la poliomyélite et la tuberculose. D'autres sont vaccins sont vivement recommandées comme le ROR, contre la rougeole, les oreillons et la rubéole, et celui contre l'hépatite B pour les adolescents.

Le texte de loi régissant cette obligation est le décret n° 52-247 du 28/02/1952 sur l'organisation du service des vaccinations.
L'article 12 indique clairement que "l'admission dans tout établissement d'enfants, ayant un caractère sanitaire ou scolaire, est subordonnée à la présentation soit du carnet de vaccination, soit des certificats médicaux attestant que l'enfant a été soumis aux vaccinations obligatoires ou en a été dispensé pour contre-indication médicale. Au cas où de tels certificats ne peuvent pas être produits, les vaccinations réglementaires seront effectuées dans les trois mois qui suivent l'admission."

Un directeur d'école n'a aucune autorité pour faire pratiquer des vaccinations chez un enfant. Par contre, il est tenu d'exiger un justificatif de vaccinations lors de l'inscription de l'enfant à l'école. En cas d'absence de vaccinations, il devra adresser un courrier recommandé avec accusé de réception à la famille sous couvert de l'Inspecteur de l'Education nationale de sa circonscription pour régulariser la situation dans un délai de trois mois.
Il est précisé que "l'absence de vaccinations obligatoires justifie le refus d'inscription dans un établissement d'enseignement scolaire et d'éducation public ou privé (ou l'exclusion de l'enfant inscrit )."
Dans le cas d'un refus de vaccination par les parents, la responsabilité du directeur par rapport aux autres enfants de l'école est engagée. En acceptant un enfant non vacciné dans son école, il prend le risque d'une diffusion de certaines maladies (tuberculose, etc...).

Des séances de vaccinations sont organisées par les médecins et infirmières de la mission de promotion de la santé dans les établissements concernés.

Dans l'enseignement professionnel, les élèves exposés à des risques de contamination par le virus de l'hépatite B dans le cadre de leurs stages ou de leurs études doivent être immunisés (ex : BEP sanitaire et social, BTS analyses biologiques, etc.)